同期はコピー元とコピー先のファイルを同じ状態にする機能です。いわゆるミラーリングですが、コピー元と同じフォルダ，ファイル構成をコピー先に作る場合には通常は「差分コピー」と、詳細設定画面の「差分コピー時にコピー先のファイルを削除」を使用する事になります。

同期と差分コピーとの違いは、同期ではコピー先（以下スレーブと呼びます）からコピー元（以下マスターと呼びます）への逆方向のコピーがある点です。

初回の同期時には、マスターの全ファイルがスレーブにコピーされ、両者が同じ状態になります。この後マスター側のファイルに変更を加えた場合、次回同期時には変更されたファイルがスレーブにコピーさます。
ここでもしスレーブ側のファイルに変更があった場合は、スレーブのファイルがマスターにコピーされます。

つまり同期は、別の箇所にあるファイルの変更状態を他方に反映させて、両方のファイルを最新状態に保つ為に使います。これはウィンドウズOSに付属するブリーフケースと同等の機能ですが、ブリーフケースの使い勝手が今いちだったので自分で作っちゃいました。

マスターとスレーブの両方で同じファイルに変更が加えられていた場合、次回同期時に「変更の衝突」が起き、両方のファイルともコピーが保留されます。その場合はダイアログが起動し、衝突の起こったファイル名が表示されるので、手動にて両者の変更箇所をマージして最新の状態として下さい。

【注意】前回の同期時には存在しなかった新規ファイルが他方へコピーされるようにするには、ファイル選択時にフォルダを「フォルダ全体」モードで選択しておいて下さい。フォルダ下のファイルを個別にチェックして選択している場合は、当然ですが新規ファイルは同期対象になりません。