フォルダツリーでバックアップ対象にしたいファイルにチェックを付けます。フォルダにチェックを付けると、その下（サブフォルダも含む）の全てのファイルにチェックが付きます。
フォルダを選択した状態で「フォルダ全体」を押すと、そのフォルダが"フォルダ全体"モードになり、フォルダ下（サブフォルダも含む）の全てのファイルがバックアップ対象になります。フォルダをチェックしてその下の全ファイルにチェックを付けた場合との違いは以下です。
全ファイルにチェックを付けた場合、それらのファイルを１つずつチェックした場合と同じで、あくまでチェックしたファイルだけがバックアップ対象になります。次回に同じバックアップセットでバックアップする時に、新規ファイルはバックアップ対象になりません。
フォルダ全体モードの場合、次回に同じバックアップセットでバックアップする時に、前回のバックアップ時には存在しなかった新規ファイルがあれば、それもバックアップの対象になります。
フォルダ全体モードのフォルダのチェックを外すと通常のファイルツリー表示に戻ります。
「全て解除」を押すと全てのチェックが外れて初期状態に戻ります。